Пример текста запроса с отбором по пустой ссылке:

"ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
|	ЕСТЬNULL(ЗаказНаПроизводствоЗапасы.НомерРежимаТО, 0) КАК НомерРежимаТО
|ИЗ
|	Документ.ЗаказНаПроизводство.Запасы КАК ЗаказНаПроизводствоЗапасы
|ГДЕ
|	ЗаказНаПроизводствоЗапасы.Ссылка = &Ссылка
|	И ЗаказНаПроизводствоЗапасы.Номенклатура <> ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)"

В данном случае в результат не попадают строки, где присутствует пустая ссылка на справочник «Номенклатура».